Chi cục Khoáng sản và Bảo vệ môi trường là cơ quan hành chính trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa; Chi cục có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật.

Chi cục Thủy lợi, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu là cơ quan hành chính trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa; Chi cục có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật.

Chi cục Thủy lợi, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu tiếp nhận nguyên trạng chức năng, nhiệm vụ quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan từ Chi cục Thủy lợi (thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trước khi hợp nhập) và chức năng, nhiệm vụ quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan về Nước, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu từ Phòng Khoáng sản - Nước, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu (thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường trước khi hợp nhất).

Chi cục Thủy sản, Biển và Hải đảo là cơ quan hành chính trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa; Chi cục có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật. Chi cục Thủy sản, Biển và Hải đảo tiếp nhận nguyên trạng chức năng, nhiệm vụ quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan từ Chi cục Thủy sản, Chi cục Biển và Hải đảo và tiếp nhận tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan về an toàn thực phẩm lĩnh vực thủy sản từ Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản (các nhiệm vụ còn lại của Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản sẽ giao cho Phòng Phát triển nông thôn và Khoa học công nghệ trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường thực hiện)