Chi cục Thủy lợi, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu là cơ quan hành chính trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa; Chi cục có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật.
Chi cục Thủy lợi, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu tiếp nhận nguyên trạng chức năng, nhiệm vụ quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan từ Chi cục Thủy lợi (thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trước khi hợp nhập) và chức năng, nhiệm vụ quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan về Nước, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu từ Phòng Khoáng sản - Nước, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu (thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường trước khi hợp nhất).
Xem chi tiết tại Quyết định số 730/QĐ-UBND ngày 19/3/2025 của UBND tỉnh về việc thành lập Chi cục Thủy lợi, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa
Quyết định số 979/QĐ-UBND ngày 15/4/2025 của UBND tỉnh Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi cục Thủy lợi, Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường