Chi cục Thủy sản, Biển và Hải đảo là cơ quan hành chính trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa; Chi cục có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật. Chi cục Thủy sản, Biển và Hải đảo tiếp nhận nguyên trạng chức năng, nhiệm vụ quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan từ Chi cục Thủy sản, Chi cục Biển và Hải đảo và tiếp nhận tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan về an toàn thực phẩm lĩnh vực thủy sản từ Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản (các nhiệm vụ còn lại của Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản sẽ giao cho Phòng Phát triển nông thôn và Khoa học công nghệ trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường thực hiện)

Xem chi tiết tại Quyết định số 709/QĐ-UBND ngày 17/03/2025 của UBND tỉnh về việc thành lập Chi cục Thủy sản, Biển và Hải đảo trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường