Trung tâm Chuyển giao công nghệ và Khuyến nông là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa; Trung tâm có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoảng riêng theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Chuyển giao công nghệ và Khuyến nông tiếp nhận nguyên trạng chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan từ Trung tâm Nông nghiệp công nghệ cao và Trung tâm Khuyến nông (thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trước khi hợp nhất).