Trung tâm Công nghệ thông tin nông nghiệp và môi trường là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa; Trung tâm có tư cách pháp nhân, có con dâu và tài khoảng riêng theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Công nghệ thông tin nông nghiệp và môi trường tiếp nhận nguyên trạng chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, nhân sự, hồ sơ liên quan từ Trung tâm Công nghệ thông tin tài nguyên và môi trường (thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường trước khi hợp nhất) và bổ sung thêm nhiệm vụ về công nghệ thông tin lĩnh vực nông nghiệp và phát triển nông thôn (thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trước khi hợp nhất).
Xem chi tiết tại Quyết định số 731/QĐ-UBND ngày 19/3/2025 của UBND tỉnh về việc thành lập Trung tâm Công nghệ thông tin nông nghiệp và môi trường trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa
Quyết định 1342/QĐ-UBND ngày 23/5/2025 của UBND tỉnh về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Công nghệ thông tin nông nghiệp và môi trường trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa