Phòng Kế hoạch - Tài chính tham mưu, giúp Giám đốc Sở quản lý quy hoạch, kế hoạch và đầu tư thuộc ngành nông nghiệp và môi trường; thực hiện đầu tư xây dựng các công trình nông nghiệp và môi trường theo nhiệm vụ được giao, phân cấp và các quy định của pháp luật có liên quan; quản lý, theo dõi lĩnh vực tài chính của các đơn vị trực thuộc Sở và dự án đầu tư được giao nhiệm vụ làm chủ đầu tư.

Văn phòng Sở tham mưu Giám đốc Sở chỉ đạo,điều hành công tác thông tin, tổng hợp, đối nội, đội ngoại, pháp chế phục vụ các hoạt động của Sở; quản lý nội quy, quy chế làm việc, hành chính, quản trị, phòng cháy, chữa cháy; an ninh trật tự; thực hiện công tác văn thư, lưu trữ.

Tham mưu, giúp Giám đốc Sở quản lý tổ chức bộ máy; vị trí việc làm; biên chế công chức, số lượng người làm việc; tổ chức nhận sự (tuyển dụng, đào tạo bồi dưỡng, quy hoạch, bổ nhiệm, điều động, luân chuyển, biệt phái ...); thi đua, khen thưởng; kỷ luật; thực hiện chế độ, chính sách đối với công chức, viên chức thuộc phạm vi quản lý của Sở Nông nghiệp và Môi trường.

Phòng Khoáng sản - Nước, Khí tượng thủy văn và biến đổi khí hậu là phòng chuyên môn tham mưu lãnh đạo Sở thực hiện chức năng, nhiệm vụ quản lý Nhà nước về Khoáng sản - Nước, Khí tượng thủy văn và biến đổi khí hậu;

Thanh tra Sở là đơn vị trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường, có trách nhiệm tham mưu Giám đốc Sở thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành tài nguyên và môi trường trong phạm vi, nhiệm vụ, quyền hạn của Giám đốc Sở

Văn phòng Sở tham mưu Giám đốc Sở thực hiện chức năng quản lý về công tác tổ chức bộ máy, cán bộ, công chức, viên chức và nhân viên trong Sở; tổng hợp, báo cáo, thi đua khen thưởng, hành chính quản trị, văn phòng cơ quan. Điều phối hoạt động của các phòng, đơn vị thuộc Sở.